Los antepasados de esta raza vivían en las zonas portuarias de las ciudades marítimas del mediterraneo con la misión de cazar las ratas y ratones que se acumulaban en los barcos y almacenes. Su nombre,Maltes parece venir del vocablo malat, que significa puerto y no de Malta como en principio se podría pensar. No obstante, málat se usaba en muchas zonas marítimas, incluida la isla de Malta, por lo que no se puede descartar esta isla como su origen.
Las primeras referencias que tenemos de la raza se las debemos posíblemente a los egipcios. En tumbas de algunos faranoes han aparecido estatuas que recuerdan al Bichón Maltés. En el S. IV A.C, Aristóteles hace mención a estos perros, a los que les pone el nombre de canes malitenses